Follow FrankTwisk on Twitter  
   

 

 

 

 

Kerr:

DNA polymorfismen (SNPs)

in CVS-patiŽntengroep als geheel en

in de acht patientensubgroepen

 

 

 

 


 

 

Het was een tijdje stil rond Dr. Jonathan Kerr,

die bekend werd met zijn studies naar de genexpressie in CVS en subgroepen (klik hier, hier en hier),

maar onlangs verscheen een artikel van zijn hand en die van Nana Shimosako

van een studie naar enkel-nucleotide polymorfismen (single nucleotide polymorphisms, SNPs).

 

 

 

 

Kerr en Shimosaka onderzochten 504 SNP allelen in de CVS-groep als geheel en in de 8 subgroepen

die gerelateerd zijn aan de 88 genen met afwijkende expressie die Kerr en anderen eerder vonden.

 

De uitgevoerde SNP-test levert volgens de auteurs reproduceerbare en robuuste resultaten op.

Dit in tegenstelling tot genexpressie die van moment tot moment kan fluctueren.

 

Zij vonden significant aanwezige 21 polymorfismen in de CVS-patiŽntengroep als geheel

en maar liefst 148 allelen die significant geassocieerd waren aan ťťn of meer subgroepen.

 

Er waren geen duidelijke verschillen tussen patiŽnten met verschillende ethnische oorsprong.

 

 

 

 

De studie toont wederom aan dat de Fukuda-kriteria een "heterogene" groep mensen selecteren.

 

Dit wordt geÔllustreerd door het feit dat minder dan 70% van de CVS-patiŽnten aangaven dat

zij geen last ondervonden van een zere keel (56%), hoofdpijn (56%), spierzwakte (67%),

slaapstoornissen (68%), pijnlijke lymfeklieren (49%) en gevoelloosheid/tintelingen (49%).

 

Meer dan de helft van de mensen (9 van 17) met depressie gaf aan dat ook zij last hadden

van post-exertionele "malaise": verergering van klachten na een (zeer) kleine inspanning.

 

Opvallen is voorts dat deze studie de bevinding van prof. Jason bevestigt dat

spier-/gewichtspijn, problemen met concentratie, onthouden etc. en post-exertionele "malaise"

de symptomen zijn die gezamenlijk ME/CVS onderscheiden van depressie etc.

 

 

Voor een samenvatting van de studies van Kerr naar genen en genexpressie, klik op onderstaand logo:

 

 

 


 

Take home messages

  • Chronic fatigue syndrome (CFS)/myalgic encephalomyelitis is a heterogeneous disease with multiple aetiologies and different presentations.
  • Some single-nucleotide polymorphisms (SNPs) within genes that are differentially expressed in CFS are significantly associated with the disease and with particular CFS subtypes.
  • This study has attempted to differentiate gene expression subgroups of CFS based on SNP analysis, and this has had a degree of success.
  • Reproducible methods to differentiate subgroups of CFS do not exist at present, but they are needed in order to develop CFS subgroup-specific treatments.

 


 

 

Use of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) to distinguish gene expression subtypes of chronic fatigue syndrome/myalgic encephalomyelitis (CFS/ME).

J Clin Pathol. 2014 Sep 19. pii: jclinpath-2014-202597. doi: 10.1136/jclinpath-2014-202597.

Shimosako N, Kerr JR.

 

 

Received 30 July 2014

Revised 2 September 2014

Accepted 4 September 2014

 

 

 

Abstract

 

AIMS:

 

We have reported gene expression changes

in patients with chronic fatigue syndrome/myalgic encephalomyelitis (CFS/ME) and

the fact that such gene expression data can be used to identify subtypes of CFS/ME

with distinct clinical phenotypes.

 

Due to the difficulties in using a comparative gene expression method

as an aid to CFS/ME disease and subtype-specific diagnosis,

we have attempted to develop such a method

based on single-nucleotide polymorphism (SNP) analysis.

 

 

METHODS:

 

To identify SNP allele associations with CFS/ME and CFS/ME subtypes

we tested genomic DNA of patients with CFS/ME (n=108),

patients with endogenous depression (n=17) and normal blood donors (n=68)

for 504 human SNP alleles located within 88 CFS-associated human genes

using the SNP Genotyping GoldenGate Assay (Illumina, San Diego, California, USA).

 

360 ancestry informative markers (AIM) were also examined.

 

 

RESULTS:

 

21 SNPs were significantly associated with CFS/ME

compared with depression and normal groups.

 

148 SNP alleles had a significant association with one or more CFS/ME subtypes.

 

For each subtype, associated SNPs tended to be grouped together within particular genes.

 

AIM SNPs indicated that 4 subjects were of Asian origin while the remainder were Caucasian.

 

Hierarchical clustering of AIM data revealed

the relatedness between 2 couples of patients with CFS only and

confirmed the overall heterogeneity of all subjects.

 

 

CONCLUSIONS:

 

This study provides evidence that

human SNPs located within CFS/ME associated genes

are associated with particular genomic subtypes of CFS/ME.

 

Further work is required to develop this

into a clinically useful subtype-specific diagnostic test.

 

 

Keywords:

 

Biological sciences; Epidemiology; Genetics

 

 

PMID: 25240059

 

 

http://jcp.bmj.com/content/early/2014/09/19/jclinpath-2014-202597

 

 


 

Met dank aan dr. Jonathan Kerr, die ondanks de weerstand, geinteresseerd blijft in ME/CVS.